黑毛藻是世界公认的最难处理的藻类之一，黑毛藻外形非常像皮毛，长约0.3公分，大多丛生在大型水草叶边缘，也会密集地生长在水族箱内任何角落，黑毛藻有强大的附着力。黑毛藻几乎能直接或间接利用所有可见光，以致在任何形式的光照下，它依然可以生存得很好，其光合作用的效率让水草望尘莫及，而且很多食藻生物也对这种藻类毫无兴趣。这是黑毛藻让我们觉得难缠的原因。
关于黑毛藻的形成原因，至今仍是讨论的焦点。持续多年的论战留给我们一些治理黑毛藻的思路。黑毛藻跟水体中二氧化碳容量波动和水的酸碱度波动有很大的关系。稳定的二氧化碳添加和稳定的PH值对预防黑毛藻有一定的作用，当然这个结论还需要更多的科学验证。
目前最好的治理黑毛藻办法，也是我们非常希望使用的办法——化学防治法。采用浓度在2%的戊二醛对黑毛藻进行点对点的喷射，效果极其明显。但对其他低等水草和鱼类有一定影响。对长黑毛藻的水草进行修剪也是一种办法，但对于硬景观上的黑毛藻处理，目前没有太好的办法，需要用刮藻铲逐一进行清除。